在中原江湖，孙玉伯的孙府与万鹏王的十二飞鹏帮彼此对立。孙玉伯膝下有子孙剑和孙蝶，两大股肱易潜龙、陆漫天，以及得力助手律香川。“快活林”的主人高寄萍，人称“高老大”，麾下有四位秘密杀手：叶翔、石群、孟星魂、小何。
律香川早已萌生除去孙玉伯的念头，却迟迟未有行动，因为他深知杀死孙玉伯绝非易事。他勾结高老大，秘密指派杀手暗杀孙玉伯。叶翔在执行任务途中巧遇孙蝶，两人一见钟情，深陷情网。不幸的是，孙蝶被律香川设计强暴，并在药物作用下与意外闯入的叶翔也发生了关系。然而，孙玉伯对小蝶的哭诉充耳不闻，毅然将她扫地出门。
叶翔在与孙玉伯派来的“杀手中的杀手”韩棠的交锋中，身体无恙却心灵受创，失去了作为杀手的资格。萌生退意的孟星魂接受了高老大的条件，意图刺杀孙玉伯，同时寻找幕后雇主。在“快活林”跟踪可疑之人时，叶翔劝他及早收手。孟星魂偶经一家无名酒楼，首次见到小蝶。孙府与十二飞鹏帮之间爆发冲突，孙玉伯的儿时邻居、老乡及孙剑的挚友相继被杀，孙剑的安全也受到严重威胁。
由于孙府防备森严，孟星魂始终未能得手。小何爱慕高老大，欲表现自己，孟星魂无力阻拦，高老大却不予理会，小何最终失手被擒。孙玉伯为了查出幕后黑手而留其性命，故意放走小何。孟星魂意识到要刺杀孙玉伯，必须先除去韩棠，但叶翔告诫他非韩棠的对手。
孙玉伯意识到事态严重，紧急召回孙剑。小何逃脱后未察觉孙府的追踪，孙剑愤怒地将不明就里的小何打残后带回孙府，引发孙玉伯的愤怒。孙玉伯设计孙剑刺杀万鹏王，结果不但孙剑反遭暗算被杀，韩棠也被十二飞鹏帮四大舵主所杀。孙玉伯震惊，开始怀疑并试探律香川。律香川此时假装遭妻舅出卖受重伤，孙玉伯将计就计一举击杀五位舵主，重创十二飞鹏帮，但因易潜龙未奉召而有所顾虑，未能乘胜追击。
对律香川深恶痛绝的小蝶，渐渐爱上孟星魂，而孟星魂则为了早日获得自由，更迫切地想刺杀孙玉伯。孟星魂将小蝶托付给叶翔。高老大却抢先让叶翔知道小蝶和孟星魂的关系。叶翔震怒，更加怨恨高老大，但他并不知道，孟星魂是高老大唯一爱的男人。孟星魂混入孙府，发现陆漫天是欲杀孙玉伯的幕后黑手。陆漫天与孟星魂商定隔日动手，孟星魂犹豫不决。叶翔要带走小蝶母子，孙玉伯坚决不允。叶翔声东击西攻击陆漫天，孙玉伯出手阻止，叶翔受重伤身亡，临死前示意孙玉伯陆漫天是叛徒。叶翔的死让孟星魂得知小蝶是孙玉伯之女，从而阻止了悲剧的发生。而叶翔之所以这么做，是因为他觉得孟星魂是他的影子。
陆漫天威胁孟星魂杀孙玉伯，孟星魂向孙玉伯坦白了自己的目的，并带小蝶退隐江湖。高老大痛苦万分，行动收敛；陆漫天尚不知道孙玉伯早已看出他是叛徒，被律香川所杀。十二飞鹏帮趁势展开攻击，与孙玉伯有关的江湖中人几乎都遭毒手，万鹏王甚至让孙玉伯做他的“银鹏”舵主，孙玉伯不能拒绝。孙府进入一级戒备，孙玉伯确定了攻击飞鹏堡的行动方案。在得知孙玉伯的“全部”、庞大的产业之后，律香川将凤凤献给孙玉伯，却趁机施以暗算。孙玉伯经密道逃至马家驿。
曾受孙玉伯恩惠的马方中以死报恩。与孙玉伯一同被困于密室的凤凤，得知孙玉伯尚有一支精锐部队“虎组”，并取得联络暗号，出得密室正自得意，却被孟星魂所制。孟星魂见过孙玉伯后赶至孙府，却与石群相遇。石群带孟星魂面见高老大，却见律香川以高老大和小蝶的性命相要挟，要孟星魂说出孙玉伯藏身之处。孟星魂方才明白：高老大与律香川合谋!孟星魂袭杀凤凤反被律香川所伤，并得知律香川勾结的是屠大鹏而非万鹏王，孙玉伯和万鹏王这两个不世枭雄竟然都是被自己的亲信副手所背叛!孟星魂回到马家密室发现孙玉伯已逃走，律香川逼问孙玉伯下落，孟星魂绝口不说。两人斗得两败俱伤时，“虎组”首领易潜龙出现，至此才明白易潜龙并没有背叛孙玉伯，反而是孙玉伯最忠诚的朋友，孙玉伯收拾完所有的事情之后没有理会律香川就走了，律香川却还执迷不悟的认为只要自己没死就可以东山再起，他找到了他觉得最信任的朋友，并最终死于这位叫夏青的好友之手，临死前终于尝到了被最信任的朋友反叛的滋味。
孙玉伯放过高老大，并把“快活林”的地契交给她。高老大虽然得到了梦寐以求的“快活林”，至此，叶翔已死，孟星魂跟了孙玉伯，小何虽然没死但因残疾生活都无法自理，只有单纯的石群还健在，感觉失去了宝贵的亲情、浓于血的友情和得不到的爱情，于是选择了自杀!屠城也因为低估了万鹏王的实力刺杀失败。万鹏王也因为失去了诸多的亲信而痛苦，经此，江湖两大帮派均损失惨重，遂各自收兵、休养生息，江湖复归暂时的平静……
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《流星蝴蝶剑》是一部探讨人性与自由的武侠佳作。
如果仔细回味，会发现这本书中对“武”的描写实则不多，甚至几乎未出现具体的武功招式名称和武器描述。没有“大力金刚掌”、“凌波微步”等奇幻的武功，也没有“玄铁重剑”、“金蛇剑”等凌厉的兵器。孟星魂擅长何种武功，使用何种武器，小说中均未提及。古龙在中后期的作品中已经形成了独特的风格，更注重“意”而非“形”来描绘武功。我觉得这种处理方式很聪明，也很独特。因为金庸、梁羽生等人的作品中，武功招式和武器已经被细化到了极致，所以古龙的这种风格有效地避免了与其他作品的雷同，可谓另辟蹊径。
《流星蝴蝶剑》的中心思想应该是对人性的深入探讨和对自由的追求。什么样的人值得信任？人生的真正意义是什么？古龙给出了自己的答案。在这部作品中，没有绝对的恶人，也没有绝对的善人。主人公并非传统意义上的义薄云天的大侠。如《流星蝴蝶剑》中的孟星魂，他只是一个“被婊子养大和利用的刺客”而已。他杀了许多人，双手沾满血腥。这样的人在梁羽生的作品中可能被视为反面角色。但古龙能够辩证地看待人性。什么是“坏人”？从“好人”的观点出发，“坏人”就是与“好人”价值观相悖、行为相左的人。但“好人”的价值观就一定正确吗？每个人都会从自身的利益出发去看待周围的世界，谁能保证“好人”就是绝对正确的？
